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Course |
Activity |
Room, Location Comment |
Teacher, External teacher |
Title, Public comment, URL |
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| w3 | Mon 2024-01-15 w3 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 10:00 | BINP28 | Compulsory, Introduction | Bioinformatik (D226) | Anna Runemark, Eran Elhaik, Julie Boisard, Kalle Tunström, Rachel Steward, Zachary Nolen | Introduction, Compulsory! | ||||||||||||||||||||||||
| 10:00 - 11:00 | BINP28 | Lecture, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Anna Runemark, Zachary Nolen, Inaki Saisan Casado | Bash repetition | ||||||||||||||||||||||||
| 11:00 - 12:00 | BINP28 | Laboratory session | Bioinformatik (D226) | Anna Runemark, Zachary Nolen, Inaki Saisan Casado | Bash repetition | ||||||||||||||||||||||||
| 13:00 - 16:00 | BINP28 | Laboratory session | Bioinformatik (D226) | Anna Runemark, Zachary Nolen, Inaki Saisan Casado | Bash repetition | ||||||||||||||||||||||||
| Tue 2024-01-16 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 10:00 | BINP28 | Lecture, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Kalle Tunström | Genome assembly | ||||||||||||||||||||||||
| 10:00 - 12:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Damandeep Kaur, Kalle Tunström, Inaki Saisan Casado | Genome assembly | ||||||||||||||||||||||||
| 13:00 - 16:00 | BINP28 | Laboratory session | Bioinformatik (D226) | Damandeep Kaur, Kalle Tunström, Inaki Saisan Casado | Genome assembly | ||||||||||||||||||||||||
| Wed 2024-01-17 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 10:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Julie Boisard, Kalle Tunström | Wrap-up Genome Assembly, Gene prediction | ||||||||||||||||||||||||
| 10:00 - 11:00 | BINP28 | Lecture, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Damandeep Kaur, Julie Boisard, Joan Escriva Font | Gene prediction | ||||||||||||||||||||||||
| 11:00 - 16:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Damandeep Kaur, Julie Boisard, Joan Escriva Font | Gene prediction | ||||||||||||||||||||||||
| Thu 2024-01-18 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 11:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Damandeep Kaur, Julie Boisard, Joan Escriva Font | Gene prediction | ||||||||||||||||||||||||
| 11:00 - 12:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Damandeep Kaur, Julie Boisard, Joan Escriva Font | Gene prediction | ||||||||||||||||||||||||
| Fri 2024-01-19 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 10:00 | BINP28 | Lecture, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Julie Boisard | Wrap-up Gene Prediction, Lecture Annotation | ||||||||||||||||||||||||
| 10:00 - 12:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Damandeep Kaur, Julie Boisard, Joan Escriva Font | Annotation | ||||||||||||||||||||||||
| 13:00 - 16:00 | BINP28 | Laboratory session | Bioinformatik (D226) | Damandeep Kaur, Julie Boisard, Joan Escriva Font | Annotation | ||||||||||||||||||||||||
| w4 | Mon 2024-01-22 w4 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 12:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Damandeep Kaur, Julie Boisard, Joan Escriva Font | Annotation, incl. Wrap-up | ||||||||||||||||||||||||
| 13:00 - 14:00 | BINP28 | Lecture, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Eran Elhaik | Write a BLAST-parser | ||||||||||||||||||||||||
| 14:00 - 16:00 | BINP28 | Laboratory session | Bioinformatik (D226) | Eran Elhaik, Nima Mohseni, Defne Yanartas | Write a BLAST-parser | ||||||||||||||||||||||||
| Tue 2024-01-23 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 12:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Eran Elhaik, Nima Mohseni, Defne Yanartas | Write a BLAST-parser | ||||||||||||||||||||||||
| 13:00 - 16:00 | BINP28 | Laboratory session | Bioinformatik (D226) | Eran Elhaik, Nima Mohseni, Defne Yanartas | Write a BLAST-parser | ||||||||||||||||||||||||
| Wed 2024-01-24 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 10:00 | BINP28 | Lecture, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Anna Runemark | Variant calling | ||||||||||||||||||||||||
| 10:00 - 12:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Anna Runemark, Damandeep Kaur, Zachary Nolen | Variant calling | ||||||||||||||||||||||||
| 13:00 - 16:00 | BINP28 | Laboratory session | Bioinformatik (D226) | Anna Runemark, Damandeep Kaur, Zachary Nolen | Variant calling | ||||||||||||||||||||||||
| Thu 2024-01-25 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 10:00 | BINP28 | Lecture, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Anna Runemark, Zachary Nolen | Wrap-up Variant Calling, Reproducibility through workflows | ||||||||||||||||||||||||
| 10:00 - 12:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Alex Lawrence, Zachary Nolen, Joan Escriva Font | Reproducibility through workflows | ||||||||||||||||||||||||
| Fri 2024-01-26 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 12:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Alex Lawrence, Zachary Nolen, Joan Escriva Font | Reproducibility through workflows | ||||||||||||||||||||||||
| 13:00 - 16:00 | BINP28 | Seminar, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Alex Lawrence, Rachel Steward | Transcriptome paper seminar | ||||||||||||||||||||||||
| w5 | Mon 2024-01-29 w5 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 10:00 | BINP28 | Lecture, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Rachel Steward | Transcriptome Analysis | ||||||||||||||||||||||||
| 10:00 - 13:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Alex Lawrence, Rachel Steward, Teodor Alling | Transcriptome Analysis | ||||||||||||||||||||||||
| 13:00 - 16:00 | BINP28 | Laboratory session | Bioinformatik (D226) | Alex Lawrence, Rachel Steward, Teodor Alling | Transcriptome Analysis | ||||||||||||||||||||||||
| Tue 2024-01-30 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 12:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Alex Lawrence, Rachel Steward, Teodor Alling | Transcriptome Analysis | ||||||||||||||||||||||||
| 13:00 - 16:00 | BINP28 | Laboratory session | Bioinformatik (D226) | Alex Lawrence, Rachel Steward, Teodor Alling | Transcriptome Analysis | ||||||||||||||||||||||||
| Wed 2024-01-31 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 09:30 | BINP28 | Information | Bioinformatik (D226) | Anna Runemark, Lotta Persmark | Infomation about Master's degree and other projects | ||||||||||||||||||||||||
| 09:30 - 11:45 | BINP28 | Information | Bioinformatik (D226) | Tamim Almurad, Nikhilesh Vasanthakumar | Presentations of available projects from research groups organized by the student mentors | ||||||||||||||||||||||||
| 13:00 - 14:00 | BINP28 | Lecture, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Eran Elhaik | Amplicon sequencing | ||||||||||||||||||||||||
| 14:00 - 16:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Eran Elhaik, Nima Mohseni, Defne Yanartas | Amplicon sequencing | ||||||||||||||||||||||||
| Thu 2024-02-01 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 12:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Eran Elhaik, Nima Mohseni, Defne Yanartas | Amplicon sequencing | ||||||||||||||||||||||||
| 13:00 - 16:00 | BINP28 | Laboratory session | Bioinformatik (D226) | Eran Elhaik, Nima Mohseni, Defne Yanartas | Amplicon sequencing | ||||||||||||||||||||||||
| Fri 2024-02-02 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 09:00 - 12:00 | BINP28 | Laboratory session, Compulsory | Bioinformatik (D226) | Eran Elhaik, Nima Mohseni, Defne Yanartas | Amplicon sequencing | ||||||||||||||||||||||||
| 13:00 - 16:00 | BINP28 | Laboratory session | Bioinformatik (D226) | Eran Elhaik, Nima Mohseni, Defne Yanartas | |||||||||||||||||||||||||