Time |
Course |
Activity |
Teacher, External teacher |
Title, Public comment, URL |
|||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
w3 | Mon 2023-01-16 w3 | ||||||||||||||||||||||||||||
10:30 - 12:00 | BIOR25 | Compulsory, Introduction | Helena Westerdahl, Staffan Bensch | Introduction and presentation | |||||||||||||||||||||||||
13:00 - 14:00 | BIOR25 | Lecture | Staffan Bensch | Introduction to Molecular Ecology | |||||||||||||||||||||||||
14:15 - 15:15 | BIOR25 | Lecture | Helena Westerdahl | Transcription and translation | |||||||||||||||||||||||||
15:45 - 16:45 | BIOR25 | Lecture | Erica Winslott, Helena Westerdahl, Jane Jönsson, Qinyang Li, Simon Jacobsen Ellerstrand, Staffan Bensch, Staffan Nilsson | Introduction to BarCoding | |||||||||||||||||||||||||
Tue 2023-01-17 | |||||||||||||||||||||||||||||
09:00 - 13:00 | BIOR25 | Laboratory session, Excursion, Compulsory, Teaching | Helena Westerdahl, Mikael Sörensson, Staffan Bensch, Staffan Nilsson | ||||||||||||||||||||||||||
09:00 - 12:00 | BIOR25 | Laboratory session, Excursion, Compulsory | Helena Westerdahl, Mikael Sörensson, Staffan Bensch, Staffan Nilsson | Collection of DNA from wild organisms, start DNA extraction | |||||||||||||||||||||||||
13:00 - 18:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Erica Winslott, Qinyang Li, Simon Jacobsen Ellerstrand, Staffan Nilsson | DNA extraction | |||||||||||||||||||||||||
Wed 2023-01-18 | |||||||||||||||||||||||||||||
08:00 - 12:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Erica Winslott, Qinyang Li, Simon Jacobsen Ellerstrand, Staffan Nilsson | DNA extraction continued | |||||||||||||||||||||||||
13:00 - 17:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Erica Winslott, Qinyang Li, Simon Jacobsen Ellerstrand, Staffan Nilsson | DNA quantification & dillution | |||||||||||||||||||||||||
Thu 2023-01-19 | |||||||||||||||||||||||||||||
08:30 - 12:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Erica Winslott, Qinyang Li, Simon Jacobsen Ellerstrand, Staffan Nilsson | Set up PCR | |||||||||||||||||||||||||
13:30 - 14:30 | BIOR25 | Lecture | Helena Westerdahl | Basic PCR and Sequencing | |||||||||||||||||||||||||
15:00 - 17:00 | BIOR25 | Seminar, Compulsory | Alex Lawrence, Sofie Nilén | Chapter 2 & 3 (Molecular Biology and tools for ecologists) | |||||||||||||||||||||||||
Fri 2023-01-20 | |||||||||||||||||||||||||||||
08:30 - 12:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Erica Winslott, Qinyang Li, Simon Jacobsen Ellerstrand, Staffan Nilsson | PCR products on minigels, precipitate PCR | |||||||||||||||||||||||||
13:30 - 17:30 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Erica Winslott, Qinyang Li, Simon Jacobsen Ellerstrand, Staffan Nilsson | PCR for sequencing reaction | |||||||||||||||||||||||||
w4 | Mon 2023-01-23 w4 | ||||||||||||||||||||||||||||
08:30 - 09:30 | BIOR25 | Lecture | Staffan Bensch | Sequence analyses & phylogenetic trees 1 | |||||||||||||||||||||||||
10:00 - 12:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Staffan Bensch | Internet-based sequence analyses | |||||||||||||||||||||||||
Tue 2023-01-24 | |||||||||||||||||||||||||||||
09:00 - 11:15 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Staffan Bensch | Alignment Exercise | |||||||||||||||||||||||||
12:30 - 13:30 | BIOR25 | Lecture | Max Lundberg | Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
13:30 - 16:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Max Lundberg | BLAST & ORF | |||||||||||||||||||||||||
Wed 2023-01-25 | |||||||||||||||||||||||||||||
09:00 - 10:30 | BIOR25 | Lecture | Staffan Bensch | Phylogenetic trees 2 | |||||||||||||||||||||||||
11:00 - 12:00 | BIOR25 | Lecture | Staffan Bensch | Phylogenetic trees 3 | |||||||||||||||||||||||||
13:00 - 15:00 | BIOR25 | Seminar, Compulsory | Alex Lawrence, Sofie Nilén | Chapter 4 (Molecular clocks) & Chapter 5 (Single populations) | |||||||||||||||||||||||||
Thu 2023-01-26 | |||||||||||||||||||||||||||||
09:00 - 12:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Staffan Bensch | Editing & aligning obtained sequences | |||||||||||||||||||||||||
13:00 - 15:00 | BIOR25 | Compulsory, Information | Information about Master's degree projects. (JÅN, LP), Compulsory information | ||||||||||||||||||||||||||
Fri 2023-01-27 | |||||||||||||||||||||||||||||
08:30 - 12:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Staffan Bensch | Neighbor joining and other tree analyses of sequences | |||||||||||||||||||||||||
13:00 - 16:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Staffan Bensch | Phylogenetic analyses of obtained sequences | |||||||||||||||||||||||||
w5 | Mon 2023-01-30 w5 | ||||||||||||||||||||||||||||
09:00 - 10:00 | BIOR25 | Lecture | Helena Westerdahl | Molecular methods | |||||||||||||||||||||||||
10:30 - 12:00 | BIOR25 | Lecture | Niklas Wahlberg | Molecular clocks and dating | |||||||||||||||||||||||||
13:00 - 16:00 | BIOR25 | Self-study | Self-study, Prepare for presentation | ||||||||||||||||||||||||||
Tue 2023-01-31 | |||||||||||||||||||||||||||||
09:00 - 12:00 | BIOR25 | Self-study | Self-study, Prepare for presentation | ||||||||||||||||||||||||||
13:00 - 16:00 | BIOR25 | Seminar, Compulsory | Helena Westerdahl, Staffan Bensch | Presentation projects BarCoding | |||||||||||||||||||||||||
Wed 2023-02-01 | |||||||||||||||||||||||||||||
09:00 - 10:15 | BIOR25 | Lecture | Bengt Hansson | Genes in populations I - diversity | |||||||||||||||||||||||||
10:30 - 12:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Bengt Hansson | Population structure exercise I - allele data | |||||||||||||||||||||||||
13:00 - 16:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Bengt Hansson | Population structure exercise I - allele data | |||||||||||||||||||||||||
Thu 2023-02-02 | |||||||||||||||||||||||||||||
10:00 - 12:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Bengt Hansson, Simon Jacobsen Ellerstrand | Chapter 5 & 6 (Single pop, gene flow, behav ccol) | |||||||||||||||||||||||||
Fri 2023-02-03 | |||||||||||||||||||||||||||||
09:00 - 10:00 | BIOR25 | Lecture | Bengt Hansson | Genes in populations II - structure | |||||||||||||||||||||||||
10:00 - 11:00 | BIOR25 | Laboratory session, Seminar | Bengt Hansson | Population structure exercise II - allele data | |||||||||||||||||||||||||
11:00 - 12:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Bengt Hansson | Population structure exercise III - mtDNA data | |||||||||||||||||||||||||
13:00 - 15:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Staffan Bensch | Primer design | |||||||||||||||||||||||||
w6 | Mon 2023-02-06 w6 | ||||||||||||||||||||||||||||
09:00 - 11:00 | BIOR25 | Laboratory session, Compulsory | Bengt Hansson | Population structure exercise III - mtDNA data | |||||||||||||||||||||||||